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Soil Enzymes and Their Research Methods

Instrument & Consumables

Name Price Web
KHB ST-360 Automatic ELISA Microplate Reader 20K CNY Link
OSRAM 64607 EFM 8V50W 150 CNY Link(Taobao)
SUPIN Pipette Tips 200μL 5.56 CNY/BAG Link(Taobao)
SUPIN 96 Cell Culture Plate 1.12 CNY/PCS Link(Taobao)
Optical Filter 540nm 377 CNY/PCS Link(Taobao)

Soil Enzyme Activity

EC 1.8.3.1 - Sulphite Xidase - 亚硫酸盐氧化酶

EC 1.10.3.2 - Phenol oxidases - 漆酶(酚氧化酶)

EC 1.11.1.7 - Broad-spectrum peroxidase - 广谱过氧化物酶

EC 1.11.1.13 - Manganese peroxidase - 锰过氧化物酶

EC 1.11.1.14 - Lignin peroxidase - 木质素过氧化物酶

EC 3.1.1.2 - Arylesterase - 芳基酯酶

EC 3.1.3.1 - Alkaline Phosphatase - 碱性磷酸酶

EC 3.1.3.2 - Acid Phosphatase - 酸性磷酸酶

CAS Name Price Web
333338-18-4 pNP-phosphate disodium salt hexahydrate 79RMB/5g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用{pH5.5 0.05mol/L Tris-HCl溶液}作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{30min};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

土壤溶剂:pH5.5 0.05mol/L Tris-HCl溶液,将Tris-HCl({CAS 1185-53-1} Mw 157.6)7.88g溶解于800mL去离子水中,并用1mol/L 盐酸调节至pH5.5(无需使用盐酸调节,溶液pH4.7,可用于实验),定容至1000mL,在4°C储存不超过1month。

底物溶液:0.05mol/L 对硝基苯基磷酸盐 二钠盐 六水合物(CAS 333338-18-4 Mw 371.12);将0.928g溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平。

EC 3.1.3.26 - Phytase - 植酸酶

EC 3.1.4.1 - Phosphodiesterase - 磷酸二酯酶

CAS Name Price Web
645-15-8 bis-pNP-phosphate 45RMB/5g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用{pH8 0.05mol/L Tris溶液}作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{30min(1h)};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

土壤溶剂:pH8 0.05mol/L Tris溶液,将Tris({CAS 77-86-1} Mw 121.14)6.06g溶解于800mL去离子水中,并用(?) 0.1 mol/L硫酸溶液调节至pH8,定容至1000mL,在4°C储存不超过1month。

底物溶液:0.05mol/L 双(对硝基苯基)磷酸酯(CAS 645-15-8 Mw 340.18);将0.850g溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平。

EC 3.1.6.1 - Arylsulfatase - 芳基硫酸酯酶

EC 3.2.1.1 - Amylose endo-a-1,4-glucanase - 内切-α-1,4-葡聚糖酶(α-淀粉酶)

EC 3.2.1.4 - Endoglucanases - 内切葡聚糖酶(羧甲基纤维素酶)

EC 3.2.1.8 - Xylanase - 木聚糖酶

CAS Name Price Web
9014-63-5 birch wood xylan 280RMB/5g Link(Yuanye)

EC 3.2.1.20 - α-Glucosidases - α-葡萄糖苷酶

CAS Name Price Web
3767-28-0 pNP-α-D-glucopyranoside 430RMB/5g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{1h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

底物溶液:0.025mol/L 对硝基苯基-α-D-吡喃葡萄糖苷(CAS 3767-28-0 Mw 301.25);将==0.375g==溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平。

EC 3.2.1.21 - β-Glucosidases - β-葡萄糖苷酶

CAS Name Price Web
2492-87-7 pNP-β-D-glucopyranoside 164RMB/5g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{1h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

底物溶液:0.05mol/L 对硝基苯基-β-D-吡喃葡萄糖苷(CAS 2492-87-7 Mw 301.25);将0.753g溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平。

EC 3.2.1.23 - β-Galactosidase - β-半乳糖苷酶

CAS Name Price Web
3150-24-1 pNP-β-D-galactopyranoside 290RMB/5g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{2h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

底物溶液:0.05mol/L 对硝基苯基-β-D-吡喃半乳糖苷(CAS 3150–24–1 Mw 301,25);将0.753g溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平,下同。

终止溶液:0.5mol/L CaCl2溶液,将14.7g氯化钙二水合物(CAS 10035-04-8 Mw 147.01)溶解在200mL去离子水中,在4°C储存不超过1month。

显色溶液:pH12 100 mmol/L Tris溶液,将Tris(CAS 77-86-1 Mw 121.14)12.11g溶解于800mL去离子水中,并用5mL 5mol/L 氢氧化钠调节至pH12,定容至1000mL,在4°C储存不超过1month。

标准溶液:3.6mmol/L 对硝基苯酚(PNP CAS 100-02-7)溶液:对硝基苯酚 Mw 139.11 10mg (100mg),去离子水 20mL(200mL);使用时需稀释10倍,即工作浓度为0.36 mM。

校准曲线:需一式三份;使用浓度为0.36 mmol/L 的PNP溶液,分别配置0 mmol/mL、14 mmol/mL、29 mmol/mL、72 mmol/mL、140 mmol/mL、220 mmol/mL、290 mmol/mL、360 mmol/mL的多孔板中分配所需体积,如表所示;之后加入25μL去离子水,25μL CaCl2溶液,100μL pH12 100mmol/L Tris溶液,均质化后转移200μl至新微孔板,在405nm读取吸光度。

PNP (nmol/ml) 0 14 29 72 140 220 290 360
PNP (μl) 0 5 10 25 50 75 100 125
Water (μl) 125 120 115 100 75 50 25 0

EC 3.2.1.26 - Fructofuranosidase - 呋喃果糖苷酶(蔗糖酶)

EC 3.2.1.30 - N-acetyl-β-D-glucosaminidase - N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{1h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

底物溶液:0.01mol/L 对硝基苯基-N-乙酰基-β-D-吡喃葡萄糖苷(CAS 3459-18-5 Mw 342.31);将0.171g溶解于50mL 去离子水中,于405nm比色获得吸光度。

EC 3.2.1.37 - β-D-xylosidase - 木糖苷酶

CAS Name Price Web
2001-96-9 pNP-β-d-xylopiranoside 275RMB/1g Link(Macklin)

EC 3.2.1.38 - β-D-Fucoside - β-D-岩藻糖苷酶

CAS Name Price Web
1226-39-7 pNP-β-D-Fucopyranoside 443RMB/50mg Link(Macklin)
Abstract
  • 土壤中β-D-岩藻糖苷酶活性的定量分析
  • 包含动力学参数和热力学参数,实验梯度可参考

EC 3.2.1.91 - β-1,4-Cellobiosidase - β-1,4-纤维二糖苷酶

CAS Name Price Web
3482-57-3 pNP-β-D-Cellobioside 4498RMB/1g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{1h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于405nm比色获得吸光度。

底物溶液:0.012mol/L 对硝基苯基-β-D-纤维二糖(CAS 3482-57-3 Mw 463.39);将0.278g溶解于50mL 去离子水中;使用精度为0.001g的天平。(此时终浓度为2mmol/L)

Abstract
  • 该酶活性的最佳 pH 值和温度分别约为5.5和60°C
  • 包含动力学参数测定,实验可参考
  • 根据此论文,测定时终浓度为2.5mmol/L,可换算为其他测定方式的终浓度
Abstract
  • 根据此文档,测定时终浓度为2mmol/L,可换算为其他测定方式的终浓度

EC 3.4.11.1 - Leucine Aminopeptidase - 亮氨酸氨基肽酶

CAS Name Price Web
4178-93-2 L-Leucine-p-nitroanilide 238RMB/1g Link(Macklin)

测定流程:鲜土经2mm筛分;使用去离子水作为溶剂,土壤(g)与水(mL)比例为4:25(凋落物与水比例为1:25),即在50ml尖底离心管内放入4g土壤和25mL去离子水(可使用30mL注射器);使用涡旋振荡器至离心管内土壤分散,再至平板摇床以250rpm振荡10min(凋落物振荡30min),移液前再次涡旋振荡至形成土壤悬液(管底无颗粒沉淀);96孔聚苯乙烯微孔板中,先使用50μL移液器将底物25μL移至微孔,再使用200μL移液器将125μL土壤悬液移至微孔,共计3个重复(添加底物)和1个空白(无底物,且此处不添加去离子水);在37°C(35°C)孵育{2h};孵育后在每个微孔加入25μL CaCl2和100μL pH12 100 mmol/L Tris溶液(枪头伸入微孔使溶液均质化)以停止反应,并在对照组添加底物25μL(添加底物需换枪头以防止污染);将微孔板覆盖封板膜,以20°C 1500g(凋落物悬浊液2000g)离心5min,并将200μL上清液转移至新微孔板,于380nm(条件受限,故使用405nm替代)比色获得吸光度。

底物溶液:0.012mol/L L-亮氨酸-对硝基苯胺(CAS 4178-93-2 Mw 251.28);将0.151g溶解于50mL 去离子水中(溶解度低,形成絮状沉淀);使用精度为0.001g的天平。

Abstract
  • 对硝基苯胺底物浓度为对硝基苯基浓度的⅕(备注:实际浓度应使用酶促反应动力学方法研究,但因条件受限使用文章比例)
  • 根据此论文,测定时终浓度为2mmol/L,可换算为其他测定方式的终浓度;孵育时间为2h
Abstract
  • 孵育时间存在较大差异,此处孵育时间为24h

EC 3.4.11.2 - Arylamidase - 芳基酰胺酶

CAS Name Price Web
893-36-7 L-Leucine b-naphthylamide hydrochloride 1110RMB/1g Link(Yuanye)
893-36-7 L-Leucine b-naphthylamide hydrochloride 1083RMB/1g Link(Macklin)
Abstract
  • 以L-亮氨酸β-萘基酰胺为底物时,所释放的β-萘胺可从土壤中被定量提取;产生的β-萘胺先用乙醇提取,再与对二甲氨基肉桂醛反应生成偶氮化合物,并在540nm波长处测定其吸光度

Database

Reference