酶化学计量法是否确实能够准确判定微生物的养分限制的质疑观点：（1）一种酶可能参与多种元素的获取：酶化学计量法假设每种特定酶仅用于获取单一元素，然而在实际环境中同一种酶可能参与多种元素的释放。NAG 和 LAP 均可能用于碳的释放；磷酸单酯酶同样可能参与碳的释放过程。（2）多种酶可能参与同一种元素的获取：胞外土壤酶催化着土壤有机质周转过程中一个可能的限速步骤，它们调控着可同化的小分子寡聚物和单体从蛋白质、木质素或碳水化合物等更复杂的高分子中释放出来；根据生态系统中土壤有机质的分子组成，有机聚合物的酶促降解可能需要数十种不同的酶；某些酶的合成会响应特定底物的存在而发生，与产物对酶合成的反馈抑制作用相反；从木质化纤维素中通过酶解释放碳，首先需要降解木质素，而这一过程所需的能量消耗显然高于非木质化纤维素，因为前者需要更广泛的氧化性和水解性释碳酶共同参与。（3）生物因子对土壤系统中总酶库的贡献尚不明确：植物根系分泌的蛋白酶或磷酸酶等胞外酶；来自落叶凋落物或穿透雨的酶；尚无法区分土壤中所测得的胞外酶活性的具体来源；添加富含碳的植物材料导致土壤真菌和细菌产生不同的酶学响应。（4）由酶促反应化学计量学方法不一致所引起的额外不确定性：即使在自然生态系统的稳态条件下，土壤微生物仍可能受到某些元素的限制。